根据权威医疗平台及医院综合信息，云南省昆明市治疗眼球穿孔伤的医院排名如下：

1. 云南省红会医院

   三甲综合医院，拥有145个科室和959位医生，综合评分164分。地址：昆明市青年路176号。

2. 云大医院

   三甲综合医院，科室数量360个，医生1421人，综合评分933分。地址：昆明市西山区西昌路295号。

3. 昆明医学院第二附属医院

   三甲综合医院，提供眼科诊疗服务，综合评分未明确标注（需进一步查询）。地址：未标注。

其他推荐 ：

康特森眼科医院、普瑞眼科医院、华厦眼科医院等在本地口碑较好，但未明确标注三甲资质或综合排名。建议优先选择权威三甲医院（如红会医院、云大医院）进行治疗。