根据权威医疗平台及医院信息，云南昆明地区治疗角膜软化症的主要医院推荐如下：
保山市第二人民医院
三级甲等综合性医院，国家级综合性医疗中心，拥有13个临床科室和8个医技科室，年手术量达5341台，设备先进，经验丰富。
云县人民医院
二级甲等综合医院，科室齐全，医疗设备完善，以干眼症、角膜神经痛等眼科疾病诊疗见长，口碑良好。
广南县人民医院
二级综合医院，集医疗、教学、康复于一体，地理位置优越，医疗资源充足。
大理州人民医院
三级甲等综合医院，眼科疾病诊疗经验丰富，医疗设施齐全，是区域医疗中心。
玉溪市中医医院
二级甲等中医医院，拥有国家级重点中医专科（如骨伤科、肛肠科），中西医结合治疗特色突出。
其他推荐医院 ：
昭通市第一人民医院（历史悠久，综合实力较强）
云县人民医院（二级甲等，眼科疾病诊疗经验丰富）
建议 ：
优先选择三级甲等综合医院（如保山市第二人民医院、大理州人民医院）进行确诊与治疗；
中医特色医院（如玉溪市中医医院）可作为补充选择，尤其适合中西医结合治疗需求。