根据2024年最新个人所得税法规定，吉林延边地区社保基数为6500元时，扣除社保后的个税计算如下：

一、基本计算公式

应缴纳个人所得税 = （工资收入 - 社保扣除 - 起征点） × 税率 - 速算扣除数

二、具体计算步骤

1. 确定起征点

   当前起征点为5000元。

2. 假设社保扣除金额

   假设每月社保扣除（五险一金）为3500元（具体金额需根据实际缴纳情况确定）。

3. 计算应纳税所得额

   应纳税所得额 = 6500元（工资） - 3500元（社保） - 5000元（起征点） = 1500元。

4. 确定税率和速算扣除数

   根据2024年税率表，1500元属于第一档税率（3%），速算扣除数为0元。

5. 计算应纳税额

   应缴纳个人所得税 = 1500元 × 3% - 0元 = 45元。

三、注意事项

• 社保扣除金额 ：实际个税计算需以单位每月代扣的社保和公积金总额为准，不同地区、不同企业可能存在差异。

• 专项扣除 ：若存在专项附加扣除（如子女教育、住房贷款等），需在起征点基础上进一步扣除。

四、总结

在社保扣除3500元的情况下，6500元工资应缴纳个人所得税45元。若社保扣除金额变化，需重新计算税额。