乡镇卫生院不能使用医保的主要原因是由于医保政策和报销范围的限制，以及乡镇卫生院的服务能力和设施条件尚未达到医保定点机构的要求。主要有以下几个方面的原因：

1. 1.医保定点机构资质要求：医保定点机构需要满足一定的资质要求，包括医疗设施、医疗技术水平、医护人员配备等方面。乡镇卫生院由于资金和资源的限制，往往无法达到这些标准。例如，医保定点机构通常需要配备一定数量的高级职称医生和先进的医疗设备，而许多乡镇卫生院在这方面存在明显不足。
2. 2.报销目录和范围限制：医保的报销目录和范围是经过严格规定的，通常只涵盖在二级及以上医院进行的诊疗服务。乡镇卫生院作为基层医疗机构，其提供的服务项目相对有限，很多治疗和检查项目不在医保报销范围内。即使在乡镇卫生院就诊，相关的医疗费用也无法通过医保报销。
3. 3.医疗服务能力和水平：乡镇卫生院的服务能力和水平相对较低，主要承担基本的医疗服务，如常见病、多发病的诊治和基本公共卫生服务。对于一些复杂和严重的疾病，乡镇卫生院往往无法提供有效的治疗，需要转诊到上级医院。而医保报销政策通常更倾向于支持在更高水平的医疗机构进行的治疗。
4. 4.政策导向和资源配置：医保政策的制定和实施往往与国家的医疗卫生资源配置密切相关。为了优化医疗资源配置，提高医疗服务的整体水平，政策上更倾向于支持设施完善、技术力量雄厚的医疗机构。乡镇卫生院由于其服务范围和能力的限制，在政策导向上未能获得与大型医院同等的支持。
5. 5.管理和监督难度：医保基金的管理和监督是一个复杂的过程，需要确保资金的合理使用和防止滥用。乡镇卫生院由于其数量多、分布广，管理难度较大。为了简化管理和监督流程，医保政策在定点机构的选取上更倾向于规模较大、管理规范的医疗机构。

乡镇卫生院不能使用医保主要是由于其自身条件和服务能力尚未达到医保定点机构的要求，以及医保政策和报销范围的限制。随着医疗卫生事业的发展和政策的不断完善，未来乡镇卫生院在医保使用方面可能会迎来新的变化和机遇。