农村合作医疗二次报销流程及注意事项如下：

一、报销对象与范围

1. 报销对象

   主要针对参保人员中患重大疾病或特殊疾病，经新农合初次报销后，个人负担费用超过规定门槛的群体。

2. 报销范围

   仅限指定医疗机构（如县级及以上医院）因疾病或意外产生的住院费用，门诊特殊病需额外申请。

二、所需材料

1. 基础报销材料

   • 住院发票原件及费用明细清单

   • 合作医疗证历本（病历）

   • 出院小结或加盖单位公章的复印件

   • 身份证或户口簿原件及复印件

2. 大病救助二次报销材料

   • 除基础材料外，还需提供参合证、医疗费用发票、特殊慢性病诊断证明（如高血压、糖尿病等）。

三、报销流程

1. 村委会初审

   • 填写《农村合作医疗费用报销呈批表》

   • 提交住院证明、费用清单等材料审核

   • 村委会出具审核意见并加盖公章

2. 镇级审核

   • 将材料报送镇农村合作医疗办公室

   • 镇级部门审核通过后，财政所签发报销支票

3. 民政部门审批（大病救助）

   • 符合条件者向户籍所在地民政部门提交申请

   • 村委会调查家庭收入并公示无异议后，提交民主评议意见

   • 民政部门审核通过后发放大病救助资金

四、注意事项

1. 时间要求

   • 门诊报销需在医疗费用发生后12个月内提出申请；大病救助需在医疗费用结算后30日内申请。

2. 报销比例

   • 二次报销比例通常为75%+年龄×0.2%（如60岁患者比例为82%），具体以当地政策为准。

3. 自费部分

   • 超出医保目录或年度报销限额的费用需自费。

4. 特殊病种管理

   • 门诊特殊病患者需提前备案，按专项流程申请。

五、法律依据

报销流程及比例依据《中华人民共和国社会保险法》第二十六条执行，确保合规性。

以上流程综合了新农合及大病救助的报销机制，具体操作中建议咨询当地医保部门，以获取最新政策细则。