安徽农保在南京住院的报销比例根据医疗机构级别和参保政策有所不同，具体如下：

一、报销比例标准

1. 普通住院报销比例

   • 一级及以下医疗机构 ：起付线200元，报销比例85%

   • 二级及县级医疗机构 ：起付线500元，报销比例80%

   • 三级（市属）医疗机构 ：起付线700元，报销比例75%

   • 三级（省属）医疗机构 ：起付线1000元，报销比例70%

2. 大病保险报销比例

   • 起付线1-2万元，5万元以内段报销比例60%；5-10万元段65%；10-20万元段75%

二、异地就医政策

• 备案要求 ：需办理异地就医备案，长期居住证可提高报销比例

• 起付线标准 ：按南京当地政策执行，可能高于安徽本地标准（如南京三级医院起付线约2000元）

• 报销限额 ：最高不超过1万元

• 未转诊手续 ：报销比例降低5个百分点

三、其他注意事项

1. 门诊报销 ：

   • 村卫生室/中心卫生室60%，镇卫生院40%

   • 长期居住证可提升门诊报销比例（如65%-75%）

2. 政策变动 ：报销比例可能随政策调整，建议就医前咨询南京医保部门

四、建议流程

1. 确认异地就医备案是否完成

2. 选择南京定点医疗机构就医时，主动告知医保人员异地身份

3. 出院后及时提交医疗费用发票、住院病历等材料申请报销

若报销比例低于预期，建议联系南京医保部门核实政策或通过12333热线咨询。