关于新农合缴费失败但已扣款的情况，可参考以下处理方式：

一、确认扣款状态

1. 检查银行卡记录

   登录银行APP或联系银行客服，确认扣款是否成功。若未扣款，可能是支付失败或系统延迟，可刷新页面或稍后再试。

2. 核对缴费信息

   确认缴费金额、账户信息及参保状态是否正确。若信息错误，需联系银行或医保机构更正。

二、处理已扣款但系统显示失败的情况

1. 联系缴费方客服

   通过医保官网、公众号或线下服务窗口，提供银行流水等凭证申请退款。

2. 银行介入处理

   若银行未处理，需联系银行客服说明情况，银行会在3个工作日内补发未结算金额。

三、其他特殊情况处理

1. 缴费时间错过

   若因逾期缴费导致扣款失败，需在次年缴费截止前补缴。2025年起，非新生儿断缴超过1年需3个月待遇等待期，每多断缴1年增加1个月。

2. 自动扣费取消

   若需长期停止缴费，可联系银行或医保机构取消自动扣费功能，并手动缴纳后续费用。

四、注意事项

• 避免重复缴费 ：若因系统延迟导致重复扣款，需联系银行或医保机构处理，避免多次缴费。

• 关注政策变化 ：2025年新农合缴费截止时间可能调整，建议关注官方通知。

若以上方法无效，建议提供完整扣款凭证及身份信息，向当地医保部门或银行客服进一步咨询。