根据深圳市医疗保障局的相关政策及搜索结果，关于“深圳医保申请特定病种后，公司是否能在社保系统看到相关记录”的问题，综合解答如下：

一、医保特定病种认定与医疗费用报销

1. 认定与报销流程

   参保人需通过深圳市医疗保障局官网或微信公众号查询《深圳市门诊特定病种诊断及治疗定点医疗机构》名单，确认所选机构具备服务资格后，方可申请认定。认定通过后，符合条件的医疗费用可按规定报销。

2. 医疗费用报销与就医凭证

   报销时需提供门诊特定病种认定证明、医疗费用发票等材料，由定点医疗机构直接与医保系统对接结算，无需向单位重复提交病种信息。

二、公司能否查看病种信息

1. 社保系统数据隐私保护

   医保系统中的门诊特定病种信息属于个人隐私数据，用人单位无法直接查询。根据医保政策，单位仅能获取参保人的缴费记录、医疗费用报销等与保险待遇直接相关的信息。

2. 特殊情况处理建议

   若需确认病种状态，建议参保人携带身份证到社保中心或合作银行补办社保卡，通过官方渠道查询历史就医记录。部分单位可能通过合作医疗机构获取部分医疗费用明细，但不会直接显示病种名称。

三、注意事项

• 病种认定与工作无关 ：门诊特定病种认定与就业单位无关，即使更换工作，原有病种认定记录仍可延续。

• 信息变更管理 ：若就医机构变更，需通过医保局官网或线下渠道重新确认定点资格，避免影响报销。

深圳医保申请特定病种后，公司无法通过社保系统查看相关病种信息，但可通过官方渠道查询医疗费用报销情况。