农村合作医疗保险报销流程根据就医地点和医疗费用类型有所不同，具体如下：

一、报销渠道

1. 直接刷卡报销

   参保患者凭身份证、医保卡，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销；在区内及区外市内定点医疗机构住院时，出院结账时也可直接刷卡。

2. 窗口报销

   • 市外就医 ：出院后3个月内，携带医疗费用原始发票、住院费用明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口办理。

   • 特殊病种门诊 ：需额外提交《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，经审核批准后按住院标准报销。

二、报销材料

1. 基础报销材料

   • 身份证或户口簿原件及复印件；

   • 新农合医保卡；

   • 门诊病历、出院小结原件及复印件；

   • 医疗费用原始收据及明细清单。

2. 特殊情形补充材料

   • 市外就医：提供新型农村合作医疗证；

   • 意外伤害：需提供原因证明和病案记录；

   • 妊娠分娩：需提供计划生育证明。

三、报销流程

1. 申请受理

   • 参保人本人或其配偶、父母、子女可办理，无亲属的由村民委员会负责人代申请；

   • 代办需提交代办人身份证及与参合人关系证明。

2. 费用核算

   • 县级或乡镇定点医疗机构负责审核材料，核算补偿金额并填写《新型农村合作医疗住院补偿表》。

3. 费用兑付

   • 审核通过后，报销金额直接打入指定银行账户。

四、注意事项

1. 时间限制 ：市外就医需在出院后3个月内申报，逾期可能影响报销；

2. 材料真实性 ：提交虚假材料可能导致报销失败或追责；

3. 异地就医备案 ：长期异地居住人员需办理备案手续。

五、法律依据

报销流程及材料要求依据《社会保险法》第二条，旨在保障公民在疾病等情况下获得基本医疗保障。