员工因自身疾病签订免责协议的有效性需根据具体情况综合判断，主要分为以下情形：

一、协议无效的情形

1. 违反法律、行政法规的强制性规定

   劳动合同及免责协议中免除用人单位法定责任、排除劳动者权利的条款无效。例如《劳动合同法》第二十六条明确规定，用人单位不得通过协议免除因工伤、职业病等法定责任。

2. 显失公平，损害劳动者权益

   若协议条款严重偏向用人单位，如完全免除其因员工疾病应承担的合理责任，则可能被认定为显失公平。

3. 用人单位强制签订

   若用人单位利用优势地位迫使员工签订协议（如威胁、欺诈等），则协议无效。

4. 违反公序良俗

   保障劳动者健康与安全的法律原则与免责协议相悖，此类协议通常被认定为无效。

二、协议可能被认定为部分有效的情形

若协议仅涉及非法定责任（如病假工资计算方式、休假制度等），且双方自愿签订、内容合法，则可能被认定为部分有效。

三、特殊情形补充说明

• 带病入职的免责协议 ：若员工明知自身患病仍入职，事后签订免责协议，可能因违反诚实信用原则被认定无效。

• 工伤相关免责 ：因工负伤的免责条款通常无效，用人单位需依法承担工伤保险责任。

四、法律后果

若协议被认定为无效，用人单位仍需承担法定的工伤赔偿、医疗费用等责任。若协议被部分认定为有效，用人单位仅需承担协议约定的责任范围。

建议 ：签订此类协议前，建议咨询专业律师，确保协议内容符合法律法规，并明确双方权利义务。