办理新型农村合作医疗（新农合）的部门设置可能因地区政策和管理体制改革存在差异，但综合权威信息整理如下：

一、主要办理部门

1. 乡镇民政部门

   多数地区的新农合由乡镇民政部门下属的医保办负责办理。需携带户口本、身份证、两张照片等材料，到户籍所在地的基层民政部门医保办办理参保手续。

2. 乡镇社保部门

   部分地区（尤其是实行社保与民政合并管理的地区）由乡镇社保部门负责新农合的统筹管理。需咨询当地社保机构确认具体办理流程。

二、法律依据与政策说明

• 管理部门职责

  根据《社会保险法》及新型农村合作医疗制度相关规定，新农合由县级以上地方人民政府社会保险行政部门（原卫生部门）负责统筹管理，但具体经办可能下放至乡镇民政或社保部门。

• 参保对象与材料

  年满16周岁（不含在校学生）、未参加城镇职工基本养老保险的农村居民可参保，需提供户口本、身份证、照片等材料。

三、其他注意事项

• 政策差异 ：经济发达地区可能委托商业保险机构经办，或实行村（居）委会汇总后上报，建议提前咨询当地部门确认。

• 基金监管 ：新农合基金专户存储、专款专用，禁止挪用，相关部门需加强监督。

建议办理前通过当地政府官网、社保热线或乡镇部门核实最新政策，以确保流程合规。