根据我国现行医保政策，职工医保与新型农村合作医疗（新农合）存在以下关系，需根据参保类型和地区政策综合判断：

一、两者不能同时参保

1. 政策冲突

   职工医保与新型农村合作医疗属于两种不同性质的医疗保险制度，无法同时享受报销待遇。

   若同时缴纳，将导致医疗费用无法重复报销。

2. 缴费标准差异

   职工医保由单位和个人共同缴纳，属于强制性的社会医疗保险；新农合则由个人自愿缴纳，属于政策性医疗保障。两者待遇标准不兼容。

二、不同参保情形的处理方式

1. 单位缴纳职工医保

   • 需停止缴纳新农合。

   • 建议办理新农合停保手续，避免重复缴费。

2. 灵活就业人员选择

   • 若以灵活就业身份参加职工医保，则需停止新农合。

   • 若中断职工医保，可随时重新参保，但需重新缴费。

三、特殊情况说明

• 退休人员 ：达到法定退休年龄且累计缴费满15年后，可停止缴纳职工医保，但可继续享受新农合（部分地区需缴费至法定退休年龄后）。

• 缴费中断影响 ：若中断职工医保超过1年，可能无法享受门诊、住院等报销待遇，且大病保险等附加险也会失效。

四、操作建议

1. 单位缴费 ：单位为员工缴纳职工医保时，需通知员工办理新农合停保手续。

2. 个人选择 ：灵活就业人员应权衡职工医保的医疗保障与个人经济负担，避免重复参保。

3. 地区差异 ：具体政策可能因地区而异，建议咨询当地社保部门确认。

公司缴纳职工医保时，员工需停止缴纳新农合，两者不可同时享受。若需保留医疗保障，建议选择职工医保；若经济条件允许，可考虑其他补充方式。