根据我国社会保险制度的规定和政策，农村合作医疗与社保卡（职工社保卡）在参保资格和功能上存在本质区别，具体说明如下：

一、参保资格冲突

1. 社保卡要求参加职工社保

   社保卡是城镇职工社会保障的凭证，需参加职工社保（包括养老保险、医疗保险等）才能办理。农村合作医疗（新农合）属于城乡居民医保，属于新型农村社会救助体系，与职工社保制度独立。

2. 重复参保的法律规定

   根据《中华人民共和国社会保险法》第二十五条，社会保险不得重复参加。若同时参加职工社保和城乡居民医保，将导致待遇重复享受，系统会自动终止其中一种保险。

二、功能差异

1. 社保卡功能更全面

   社保卡可办理养老保险、医疗保险、工伤保险、失业保险和生育保险，支持医疗费用实时结算、养老金领取、失业救济等。

   新农合仅提供医疗保障，无法享受其他社保待遇。

2. 医保卡功能有限

   医保卡是医保待遇的专用卡，仅用于医疗费用报销，无法办理养老保险、失业等社保业务。

三、操作建议

1. 停掉新农合后参保职工社保

   若已参加新农合，建议办理职工社保（如城乡居民医保转为职工医保），停掉新农合以享受更全面的社保待遇。

   转保流程可通过当地社保局官网或线下办理，需注意职工社保通常需缴费满一年才能申领社保卡。

2. 保留新农合的特殊情况

   若因故无法立即参保职工社保，可咨询当地社保部门了解过渡方案，但需注意新农合待遇可能低于职工社保。

总结

农村合作医疗与社保卡不可同时办理，需根据自身情况选择参保类型。建议优先参加职工社保以获得更全面的保障，同时保留新农合作为补充医疗保障。