关于公司缴纳的农村合作医疗停止问题，根据相关法律法规和实际情况，可通过以下方式办理：

一、单位主动停止缴纳

1. 单位办理注销手续

   若单位决定停止为职工缴纳新农合，需携带以下材料到当地医保经办机构办理注销手续：

   • 职工身份证复印件

   • 单位出具的参加职工医保的证明（需加盖公章）

   • 合作医疗证、户口簿等材料

2. 职工主动申请退保

   若职工本人要求停止缴纳，需向单位提交退保申请，并附上相关证明材料（如升学、就业、户口迁移等），由单位统一办理注销手续

二、自动失效情形

根据《中华人民共和国社会保险法》第二十七条规定：

• 未缴费则失效 ：若单位连续未为职工缴纳新农合费用，保险将自动终止

• 退休未缴年限处理 ：达到法定退休年龄但累计缴费未满年限的，需继续缴费至满年限；已缴满年限的，退休后无需缴费

三、注意事项

1. 避免重复参保 ：职工若已参加职工医保，则无需再保留新农合，两者不可同时享受

2. 费用退还 ：2019年前已缴但未使用的新农合费用，可向户籍所在地医保机构申请退还

3. 特殊情况处理 ：因户籍迁移、就业单位变动等，需提供相关证明材料办理转移或终止手续

建议办理前通过当地社保中心或12333热线确认具体流程，确保材料齐全。若单位未依法缴费，可依据《劳动合同法》和《社会保险法》维护自身权益。