社保和农村合作医疗（新农合）在医疗保险部分确实存在冲突，具体表现如下：

一、核心冲突点

1. 待遇享受的排他性

   根据《中华人民共和国社会保险法》第二十四条规定，新型农村合作医疗与职工基本医疗保险（社保）属于 不可同时享受的医疗保障制度 。若已参加其中一种，则无法再参加另一种。

2. 报销范围与比例差异

   社保的医疗保险覆盖普通门诊、住院等更广泛的医疗场景，且报销比例通常高于新农合。例如，社保门诊报销比例可达50%-70%，而新农合门诊报销比例多在30%-50%之间。

二、具体冲突情形

1. 同时参保的后果

   若同时缴纳社保和新农合，当发生医疗费用时，医保系统会优先使用社保进行报销，新农合的报销将不再适用。

2. 缴费建议

   • 职工医保参保者 ：建议停掉新农合，以充分享受社保的全面保障。

   • 农村居民参保者 ：若已参加职工医保，则需停掉新农合；若未参加职工医保，可保留新农合，但需注意与职工医保的缴费年限累计计算。

三、其他关联冲突

• 养老保险冲突 ：若同时缴纳新农合和职工养老保险，退休后只能领取其中一种养老金，需选择停掉其中一种。

四、特殊说明

• 商业保险与社保的关系 ：两者属于不同保障体系，可同时购买，但与新型农村合作医疗无直接关联。

• 转移接续 ：若因就业等原因转移社保，需根据当地政策办理新农合的转移或合并手续。

社保与农村合作医疗的医疗保险部分存在明确冲突，建议根据自身参保情况选择保留其中一种，以获取更全面的医疗保障。