农村合作医疗保险与公司的社保（职工基本医疗保险）存在以下冲突和差异：

一、核心冲突点

1. 待遇享受互斥性

   根据《中华人民共和国社会保险法》第二十四条和第三十六条规定，职工基本医疗保险与新型农村合作医疗（新农合）属于不同层次的医疗保障制度， 不可同时参保享受 。若已参加职工医保，则需停掉新农合。

2. 报销范围差异

   职工医保的报销范围更广，覆盖城市职工及灵活就业人员，且与单位缴费挂钩，保障水平更高；新农合主要覆盖农村居民，报销比例和起付线相对较低。

二、其他差异说明

1. 参保对象与缴费方式

   • 新农合主要针对未参加职工医保的农村居民，采用自愿参保、年缴年享的模式；

   • 职工医保由用人单位和职工共同缴纳，具有强制性。

2. 医疗费用报销流程

   两种保险均需提供医院发票原件，但报销时只能选择其中一种进行报销，无法叠加使用。

三、建议方案

1. 优先选择职工医保

   若已就业，建议通过单位参加职工医保，退休后还能享受养老金；

   若未就业且经济条件允许，可考虑参加职工医保的个人缴费档次。

2. 特殊情况处理

   • 若已参加职工医保后新增农村居民身份，需办理职工医保注销手续；

   • 部分地区允许灵活就业人员同时参加职工医保和居民医保（如新农合），但需符合当地政策规定。

四、法律依据

• 《中华人民共和国社会保险法》第二十三条、第二十四条、第二十六条等条款明确禁止同时参保。

两者不可同时享受，建议根据自身参保状态和需求选择合适的医疗保障方式。