购房金额与发票金额不一致时，处理方式需根据具体情况和金额差异原因综合判断，主要分为以下几种情况：

一、金额差异的合法性判断

1. 发票金额低于合同金额

   若发票金额低于合同金额，可能涉及偷税漏税或虚开发票，需进一步核实交易真实性。根据《中华人民共和国发票管理办法》，合同金额与发票金额必须一致，否则可能面临税务处罚。

2. 发票金额高于合同金额

   此情况较少见，但可能涉及开票错误或优惠未开具红票。建议与开票方协商补开发票或调整合同条款。

3. 金额差异由合同变更引起

   若差异源于合同条款调整（如价格修改、折扣、退款等），需以实际履行金额为准，并办理相应的合同变更手续。

二、处理步骤与建议

1. 核实差异原因

   首次遇到金额不一致时，应与开发商或卖方沟通，确认是否存在计算错误、合同变更或未结算款项等问题。

2. 补开发票或调整合同

   • 若发票金额不足，可要求补开发票；

   • 若合同金额错误，需签订补充协议明确实际交易金额。

3. 税务处理

   • 发票金额<实际支付金额 ：需补足发票，避免虚开发票风险；

   • 发票金额>实际支付金额 ：一般无需调整，但建议与对方协商。

4. 法律风险防范

   金额不一致可能引发税务纠纷，建议保留沟通记录和支付凭证，必要时通过法律途径解决。

三、特殊情况说明

• 已办理房产登记 ：若房产已登记，通常以不动产统一销售票据上的金额作为计税基数，合同金额不再作为依据。

• 税务清算 ：若涉及财产清算，需根据实际交易金额调整账目，可能涉及营业外收支或往来科目。

四、总结

购房金额与发票金额不一致时， 应以实际交易金额为准 ，并确保合同、发票等凭证的真实性。若存在争议，建议通过协商、补开发票或法律途径解决，避免因小失大。