农村合作医疗的办理程序可分为参保登记和报销两个主要环节，具体如下：

一、参保登记程序

1. 个人申请

   农村居民需到户籍所在地的村（居）委会提出参保申请，填写《新型农村社会医疗保险参保登记表》（一式二份）。

2. 村（居）委会审核

   村协理员对提交的材料（户口簿、身份证原件及复印件）进行初审，审核通过后签字并录入新农保信息系统。

3. 乡镇劳动保障事务所复核

   乡镇劳动保障事务所对村上报的材料进行复核，确认无误后建立个人账户，并将材料上报县农保中心。

4. 县农保中心登记

   县农保中心完成最终复核，建立参保人员电子档案，参保待遇于次年1月1日生效。

二、报销程序

1. 医疗费用审核

   由县级或乡镇定点医疗机构合作医疗窗口对医疗费用进行初审核算，填写《新型农村合作医疗住院补偿表》。

2. 报销申请提交

   参保人持住院证、缴费单等材料到定点医疗机构报销窗口办理费用报销。

3. 大病保险报销（可选）

   符合大病保险条件的医疗费用，需在基层医疗机构提交报销申请，经村（社区）联络员审核后报区农易办结报中心处理。

三、其他注意事项

• 参保资格 ：未办理过新型农村合作医疗的居民需先参保，已参保人员续保时无需重复登记。

• 缴费方式 ：支持线上（政府平台、第三方支付）和线下（村委会、乡镇经办点）缴费，具体方式因地区而异。

• 待遇生效时间 ：正常缴费次年1月1日生效，补缴情况于缴费后第4个月1日生效。

以上流程综合了政府组织、村居协助和医疗机构配合，确保参保覆盖和费用核算的规范性。