农村合作医疗两个档次的区别主要体现在以下几个方面：

一、缴费标准与比例

1. 缴费比例

   • 一档：单位6.2%、个人2%、合计8.2%

   • 二档：单位0.6%、个人0.2%、合计0.8%

   • 三档：单位0.4%、个人0.2%、合计0.6%

2. 缴费基数

   以上年度在岗职工月平均工资为基准，总缴费约59.8元/人。

二、保障范围与待遇

1. 住院报销

   • 一档：在定点医院住院报销90%

   • 二档：在定点医院住院报销70%-90%（具体比例因地区而异）

   • 三档：在定点医院住院报销55%-90%

2. 门诊报销

   • 一档：连续参保12个月且年度自费超过3131元，报销70%；社康中心门诊30%，大型设备检查80%

   • 二档：每年有1000元门诊起付线，社康中心门诊30%，大型设备检查80%

   • 三档：门诊报销比例更低，具体比例因地区规定不同

3. 特殊门诊与大病保障

   • 一档：无特殊门诊和大病保障

   • 二档：可报销重大疾病门诊费用

   • 三档：覆盖更多重大疾病和门诊特殊病种

三、参保对象与限制

1. 适用人群

   • 一档：一般企业职工，缴费比例较高

   • 二档：多为公司型单位缴纳

   • 三档：城乡居民自主选择，缴费比例最低

2. 就医原则

   • 一档：无定点医疗机构限制，可自由选择医院

   • 二档：需在绑定社康中心门诊就医，住院仍可自由选择医院

   • 三档：部分城市（如深圳）需在指定医疗机构就医

四、其他差异

• 门诊药品报销 ：一档对甲类药品按80%、乙类按60%支付，二档统一按90%支付

• 年度支付限额 ：一档无明确限额，二档和三档有门诊费用年度支付上限（如1000元）

总结 ：一档适合经济条件较好、需保障基本医疗的人群；二档适合希望提高住院报销比例、减少自费的中等收入群体；三档则适合经济困难者或需补充医疗保障的特殊情况。选择时需结合家庭经济状况和医疗需求综合考量。