根据相关法律法规和工程实践，超过400万元的工程变更处理需遵循以下步骤和原则：

一、重大变更需重新招标

若工程变更涉及以下情形，通常需重新进行招标：

1. 实质性内容修改 ：变更后工程范围、技术要求等与原招标文件存在显著差异，影响合同核心条款；

2. 投资规模超标 ：单项或累计投资超过原定投资额度（如400万元）；

3. 政府投资项目 ：涉及政府资金调整需按基本建设程序报批。

法律依据 ：《招标投标法》第28条规定，重大变更需保证招标程序的公开、公平、公正，保护投标人权益。

二、细节调整可通过补充协议处理

若变更仅涉及非实质性内容（如工程量小幅增加、材料价格波动等），可按以下方式处理：

1. 签订补充协议 ：与中标人协商一致后签订补充协议，明确变更内容、价款调整方式及工期调整方案；

2. 价款调整方法 ：参考原合同单价、类似工程价格或双方协商确定新价格。

三、其他注意事项

1. 政府投资项目 ：需履行行政审批程序，未经批准不得擅自施工；

2. 变更程序 ：需经监理单位或业主单位书面指令实施，承包商无权擅自变更；

3. 索赔依据 ：变更导致工期延长或成本增加时，承包商可依据合同条款索赔，需及时提交书面申请。

总结流程图

工程变更 → 评估影响 → 重新招标（重大变更）→ 签订补充协议（细节调整）→ 行政审批（政府投资）→ 索赔处理（如需）

通过以上步骤，既能保障工程变更的合规性，又能有效控制项目风险。