小儿贲门失弛缓症不存在绝对的最快治疗方法，需根据患儿具体情况选择合适的治疗方式，以下是一些常见的治疗方法：
- 药物治疗：适用于早期、暂时不需要手术的患儿。
- 硝酸盐类：如硝酸甘油和二硝酸异山梨醇等，含服后能使食管括约肌压力下降，可能与 NO 释放有关，可部分缓解症状，但长期应用会出现耐受性，1 年后疗效下降明显，用药过程中需监测血压变化。
- 钙通道阻滞剂：常用药物有硝苯地平、硫氮䓬酮及维拉帕米等，可阻滞钙离子内流而松弛食管括约肌，与硝酸盐类药物合用，较单一药物疗效好。
- 抗焦虑药：有镇静、抗焦虑中枢及肌肉松弛作用，可缓解患儿因疾病导致的焦虑情绪，间接减轻症状。
- 平滑肌松弛剂：如丁溴酸东莨菪碱等，能解除平滑肌痉挛，促进食管排空。
- 内镜治疗：
- 内镜下球囊扩张术：通过胃镜将球囊送入食管，充气扩张食管，利用机械性扩张增加食管肌肉的顺应性，改善贲门松弛功能。适用于轻度至中度贲门失弛缓症患儿，可作为初始治疗选择，通常需要多次操作。
- 经口内镜下肌切开术（POEM）：通过经口内镜在食管黏膜层与固有肌层之间建立隧道，在胃镜直视下切开食管下段及贲门周围的环行肌肉，直接解除食管括约肌的紧张状态，恢复正常吞咽功能。适用于严重贲门失弛缓症且其他非手术疗法无效的儿童患者，是内镜下治疗贲门失弛缓症的新兴技术，在儿童中的疗效及安全性尚待明确。
- 括约肌局部注射肉毒素：可对抗乙酰胆碱对食管括约肌的兴奋收缩作用，改善食管括约肌松弛功能而缓解症状。但在儿童应用经验有限，仅适用于一般情况差、药物无效又不适合内镜下气囊扩张术和外科手术的患儿，不主张作为一线治疗方法推广。
- 手术治疗：对于多次内科治疗无效、食管迁曲或扩张、扩张器不能通过以及不能耐受扩张术的患儿，可进行外科手术治疗，以防止营养不良影响患儿生长发育。目前多采用改良 Heller 术，该方法疗效较高、维持时间长，但手术创伤相对较大。近年来也有采用经腹腔镜和胸腔镜治疗，具有创伤小、恢复快的优点。
在治疗的还需要注意日常护理和饮食调理。如婴幼儿建议母乳喂养，乳母要注意营养均衡；可自主进食的患儿给予低脂、低盐、低热量、易消化的清淡饮食，少食多餐，细嚼慢咽，睡前避免进食等。
