农村合作医疗的门诊报销流程如下：

1. 直接刷卡报销 ：

• 参保患者凭有效证件（如身份证、医疗卡）在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可以直接刷卡报销。

• 在区内及区外市内定点医疗机构住院时，出院结账时也可以直接刷卡报销。

2. 窗口报销 ：

• 对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，携带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。

3. 特殊病种门诊报销 ：

• 参保患者若需特殊病种门诊报销，可持二级及以上定点医疗机构出具的病例及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料，以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请。经审核批准后，其门诊医药费用可列入新农合基金的报销范围，按住院报销标准以年度为单位进行报销。

4. 普通门诊报销 ：

• 参合人员的门诊费用在合作医疗定点村卫生室和镇街道卫生院均按25%报销，门诊补偿总额每人每年最高报销150元。二级（含）以上定点医疗机构的门诊医药费用不予报销。

• 参合人员报销医药费时，应持本人合作医疗证、医药费单据原件、门诊病历、处方报销联（门诊实行双处方制）。

• 参合人员要于次年度的一个月内办理完毕上年度的报销结算，未办理的视为自动放弃报销。定点医疗机构未及时办理结算的，补偿费用由定点医疗机构承担。

5. 其他注意事项 ：

• 参保患者在相关科室进行检查、门诊药房取药后，需持合作医疗证、身份证、户口本、发票等相关材料到新农合窗口进行审核、报销并领取报销款。

• 农村合作医疗保险的报销比例根据就诊医疗机构的不同而有所差异，具体报销比例如下：村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，镇卫生院就诊报销40%，二级医院就诊报销30%，三级医院就诊报销20%。

建议：

• 参保患者应提前了解所在地区的具体报销政策和流程，以便及时、顺利地进行门诊报销。

• 对于特殊病种门诊报销，患者需及时提交相关申请材料并经过审核，以确保报销资格。

• 参保患者应在规定的时间内办理报销结算，以免错过报销时限。