肠套叠分为原发性和继发性两类，其病因主要包括以下方面：

• 原发性肠套叠：多发生于婴幼儿，具体病因尚未完全明了，可能与以下因素有关。
  • 饮食改变和辅食刺激：婴幼儿期肠蠕动节律处于较大变化时期，易发生肠蠕动紊乱。外界因素如增添辅食或食物性质、环境、气温的改变，以及肠管本身疾病如肠炎等，都可能诱发肠蠕动紊乱，从而引起肠套叠。
  • 局部解剖因素：婴幼儿回盲部较游动，回盲瓣呈唇样凸入盲肠，当回肠蠕动发生异常时，可牵拉肠壁形成套叠。
  • 病毒感染：小儿腺病毒或轮状病毒感染后，可引起末端回肠集合淋巴结增生，局部肠壁增厚，甚至形成肿物向肠腔突起构成套叠起点。加之肠道受病毒感染等其他原因刺激，蠕动增强，导致发病。
  • 免疫反应不平衡因素：原发性肠套叠多发生于 1 岁以内，恰为机体免疫功能不完善时期，肠壁局部免疫功能易被破坏，蠕动紊乱而诱发肠套叠。
• 继发性肠套叠：多因肠壁或肠腔内器质性病变引起，如肠息肉、肿瘤、肠壁血肿、梅克尔憩室、肠囊肿等翻入肠腔，牵带肠壁作为起点而引起肠套叠，发病率约占 2％ - 5％。成人肠套叠多为继发性，通常由肠道炎症、肿瘤等病变导致。

腹部创伤与手术导致肠壁出现水肿、粘连，也可能引起肠套叠。