个税专项附加扣除操作流程主要包括以下步骤：

1. 确认资格条件：纳税人需确认自己是否符合子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金、赡养老人、3岁以下婴幼儿照护等专项附加扣除的资格条件。这包括个人身份信息、相关证明材料的准备等。

2. 选择申报方式：纳税人可以选择通过扣缴义务人申报，也可以选择年度自行申报。如果选择通过扣缴义务人申报，可以在一定程度上简化流程；如果选择年度自行申报，则需要在年度汇算时进行统一申报。

3. 填写申报表：根据所选择的专项附加扣除项目，填写相应的申报表。这些表格可以从税务部门的官方网站下载，或者在税务机关的办税服务厅领取。填写时要确保信息的准确性和完整性。

4. 提交申报材料：将填写好的申报表及相关证明材料一并提交给税务机关。可以通过线上或线下的方式提交。线上提交可以通过电子税务局等平台进行；线下提交则需要到税务机关的办税服务厅窗口办理。

5. 等待审核确认：税务机关会对提交的申报材料进行审核。审核通过后，纳税人就可以享受相应的专项附加扣除了。

总的来说，完成以上步骤后，纳税人可以在个人所得税APP中查看专项附加扣除的详细信息，并确认是否已经成功享受了相应的扣除优惠。