牙根发黑不痛可能由以下原因引起：

1. 食物残渣堆积：吃了巧克力、黑芝麻等食物，没有及时清洁口腔，可能会导致食物残渣堆积在牙齿根部，从而出现牙根发黑的情况，一般不痛。

2. 龋齿：龋齿是由口腔内多种因素引起的牙齿硬组织进行性病变，一般表现为无机质脱矿和有机物分解。牙齿变黑可能是由于龋齿导致牙齿硬组织受到细菌感染，从而出现上述情况。

3. 牙结石：牙结石是由食物残渣、牙垢、牙菌斑等堆积在牙齿表面引起的，会导致牙齿表面出现黄白色或者深褐色的斑块，同时也可能会出现牙根发黑的情况。

4. 牙菌斑：牙菌斑是由细菌引起的，是一种基于细菌形态和化学成分的具有独特生长能力的膜样结构，主要由细胞壁包围。牙菌斑可通过与细胞的黏附作用、细菌的酶解作用以及表面受体作用等机制在牙齿表面形成，进而导致牙根发黑。

5. 牙髓坏死：牙髓坏死是由感染引起的，感染会导致牙髓组织的坏死。牙髓坏死的主要症状是牙齿变色和疼痛，但有些患者可能没有疼痛。

6. 金属离子渗透：如果牙齿内部有金属修复材料，如银汞合金，金属离子可能会渗透到牙龈组织中，导致牙龈发黑。

7. 牙釉质发育不良：牙釉质发育不良可能导致牙齿表面颜色异常，包括发黑。

8. 四环素类药物影响：在牙齿发育期间，服用四环素类药物可能导致牙齿变色。

9. 氟中毒：长期摄入过量的氟可能导致氟斑牙，表现为牙齿变色。

如果出现牙根发黑的情况，建议及时就医进行诊断和治疗。