根据相关法律法规和搜索结果，关于生病住院期间扣除全勤奖的合法性问题，综合分析如下：

一、全勤奖的性质与法律依据

1. 非法定必付项目

   全勤奖是用人单位自主设立的激励性薪酬，不属于《劳动法》或《劳动合同法》规定的必付项目。

2. 与病假工资的关系

   全勤奖与出勤天数直接相关，病假属于非正常出勤情形，因此扣除全勤奖是合理的。

二、扣除的合法性条件

1. 规章制度合法合规

   企业需制定明确的全勤奖制度，并通过民主程序公示，且不得违反《劳动法》第30条（用人单位不得以暴力、威胁或非法限制人身自由的方法强迫劳动）和第38条（用人单位不得因劳动者患病或非因工负伤降低其工资）。

2. 病假工资的底线

   病假期间工资支付需符合以下标准：

   • 不得低于当地最低工资标准的80%；

   • 包含基本工资、岗位工资等固定部分，但不得扣除加班费、奖金等可变部分。

3. 特殊情况的处理

   若员工因突发重大疾病等特殊原因请病假，且平时表现优异，企业可酌情考虑保留全勤奖，但需提供充分证据支持。

三、总结与建议

• 常规情况 ：请病假通常会导致全勤奖扣除，且需符合公司规章制度。

• 特殊处理 ：若制度合理且员工贡献突出，可灵活处理。

• 权益保障 ：病假工资不得低于最低工资80%，否则可能涉及法律风险。

建议用人单位在制定相关制度时，充分征求员工意见并公示，避免因规定不合理引发劳动争议。