全勤奖是否合理需要结合公司规定、劳动合同条款以及劳动法律法规综合判断，具体分析如下：

一、全勤奖的合理性需满足的条件

1. 制度明确性

   全勤奖的发放条件需在劳动合同或员工手册中明确约定，例如“无迟到、早退、请假或旷工记录”。若员工知晓该规定，则公司扣发全勤奖的行为可能合法。

2. 公平性原则

   全勤奖应基于员工实际出勤情况发放，避免因偶然因素（如突发疾病、交通延误等）导致不合理扣发。例如，员工因不可抗力迟到，公司应考虑实际情况调整奖惩。

3. 程序合法性

   公司需通过合法程序制定全勤奖制度，如员工手册公示、员工签字确认等，确保制度具有可操作性和透明度。

二、常见争议点分析

1. 旷工与当月全勤奖的关联性

   若员工当月存在旷工记录，根据多数公司的规定，当月全勤奖应予以扣除。但需注意，旷工的认定需以公司考勤记录为依据。

2. 奖惩标准的合理性

   • 固定金额与实际贡献不匹配 ：若全勤奖金额过高（如1000元），而员工仅承担基础工资，可能被认为不合理。

   • 迟到扣款比例过高 ：例如，迟到1分钟扣200元，可能使员工感到处罚过重，影响工作积极性。

3. 特殊情况的处理

   公司应明确特殊情况下的奖惩规则，如病假、工伤等。若因不可抗力导致缺勤，公司不得以全勤奖为依据扣款。

三、建议与总结

• 审查合同条款 ：确认全勤奖的发放条件是否与劳动合同一致。

• 评估制度合理性 ：结合公司业务性质和员工反馈，判断奖惩标准是否公平。

• 协商与维权 ：若认为扣发不合理，可先与HR协商；若协商无果，可依据《劳动法》第五十条规定，通过劳动仲裁或诉讼维护权益。

综上，全勤奖1000元是否合理，需结合公司具体规定、员工实际出勤情况以及奖惩机制的公平性综合判断。建议通过沟通协商或法律途径解决争议。