在企业所得税年度汇算清缴中，各项费用的扣除标准如下：
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合理的工资、薪金支出 ：100%扣除。企业发生的合理的工资、薪金支出，准予据实扣除。
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职工福利费 ：不超过工资、薪金总额14%的部分准予扣除。
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工会经费 ：不超过工资、薪金总额2%的部分准予扣除。
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职工教育经费 ：不超过工资、薪金总额8%的部分准予扣除，超过部分可以结转以后年度扣除。
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业务招待费 ：按照发生额的60%扣除，但最高不得超过当年销售收入的0.5%。
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广告费和业务宣传费 ：
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一般企业：不超过当年销售收入15%的部分准予扣除，超过部分准予在以后纳税年度结转扣除。
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化妆品制造与销售、医药制造和饮料制造（不含酒类制造）企业：不超过当年销售收入30%的部分准予扣除。
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烟草企业：烟草广告和业务宣传费支出一律不得税前扣除。
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公益性捐赠 ：不超过年度利润总额12%的部分准予扣除。
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补充养老保险和补充医疗保险 ：分别按照不超过工资薪金总额5%的部分准予扣除。
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手续费和佣金支出 ：
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一般企业：不超过与具有合法经营资格中介服务机构或个人所签订服务协议或合同确认的收入金额的5%的部分准予扣除。
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保险企业：财产保险企业按当年全部保费收入扣除退保金等后余额的15%计算限额，人身保险企业按当年全部保费收入扣除退保金等后余额的10%计算限额。
建议在实际操作中，企业应严格按照上述标准进行费用扣除，并在年度汇算清缴时进行相应的税务调整，以确保符合税法规定。
