当您在12306平台上遇到付款成功但系统提示订单超时的情况，这通常涉及到网络购票的时限问题。根据相关资料，在正常情况下，用户需要在指定的时间内完成支付流程。如果超时，票额可能会重新返回售票系统，导致虽然钱被扣了，但票却没有购买成功的情况。
这种情况的发生可能有多种原因，包括但不限于：
- 网络连接问题或服务器繁忙可能导致支付过程中的通信中断。
- 支付平台本身可能出现故障，影响了交易的成功确认。
- 用户未能在规定的支付时限内完成所有步骤，导致订单被系统自动取消。
一旦遇到这样的情况，首先不要慌张，并且可以采取以下几个步骤来解决问题：
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确认支付状态：登录到您的12306账户，检查“我的订单”或者“未完成订单”部分，以确定当前订单的状态是否显示为“已取消”或“未支付”。同时，您也可以通过与支付相关的银行或第三方支付平台查询具体的交易记录，了解款项是否确实已经从您的账户中扣除。
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联系客服寻求帮助：如果您发现款项已经被扣除，但是12306上没有对应的订单信息，建议尽快联系12306官方客服，提供相关的支付凭证（如银行流水、支付宝/微信交易详情等），以便他们能够帮助核实并处理退款事宜。
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耐心等待退款：铁路部门和银行之间核对完毕后，会将多扣的款项退回至您的银行卡上。这个过程可能需要一段时间，一般最长不超过7个工作日。不过，实际到账时间可能会因不同的银行处理速度而有所不同，有的案例甚至提到退款可能需要15天到20天左右才能到账。
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使用电子发票功能：如果涉及报销需求，记得利用12306提供的电子发票服务。对于已经支付成功的订单，即使最终未能出票，仍可以通过该服务开具相应的发票用于财务报销。
值得注意的是，随着技术的进步和服务的优化，铁路部门也在努力减少此类事件的发生频率。例如，他们曾经延长了网络购票的支付时限，从最初的30分钟增加到了45分钟，以此来降低由于时间限制而导致的问题。即便如此，偶尔还是会有类似的情况发生，因此熟悉应对措施非常重要。
面对12306超时付款但款项已被扣除的情形，关键是要保持冷静，按照上述步骤操作，并与相关部门保持沟通，确保自己的权益得到保护。同时，考虑到这类问题可能带来的不便，建议旅客提前做好准备，预留足够的时间进行支付操作，避免临近截止时间才开始处理，从而减少不必要的麻烦。
