是的，京东商家缺货时会有相应的赔偿机制。根据京东的规定，如果商品缺货无法发货，消费者有权获得一定的赔偿。具体的赔偿标准和方式如下：

1. 赔付金额：通常情况下，京东商家缺货赔付为按照订单金额的30%进行赔偿，最高不超过500元人民币。例如，如果订单金额为1000元，则赔偿300元；若订单金额为10000元，其30%超过500元，则赔付500元。

2. 赔付方式：

   • 对于自营商品，京东可能会直接以现金形式退还到消费者的原支付账户，或者以京豆的形式返还到用户的账户中，京豆可以在京东购物时抵扣现金。
   • 对于第三方卖家的商品，可能会提供优惠券、积分或其他形式的补偿，具体取决于卖家的服务承诺和缺货情况。

3. 全额退款：如果消费者下单购买的商品因为缺货无法正常发货，京东将会为消费者提供全额退款的服务。消费者可以选择退回到原支付方式或者退回到京东账户余额。

4. 其他补偿：在某些情况下，比如由于缺货导致价格上涨，京东可能会提供差价补偿；对于因缺货而无法享受促销活动或使用优惠券的情况，也会提供相应的优惠券作为补偿。

需要注意的是，具体的赔付规则可能会根据具体情况和商品的不同而有所变化，并且这些规则也可能随着时间和政策的变化而更新。因此，在遇到缺货问题时，建议查看最新的京东平台规则或直接联系京东客服获取准确的信息。同时，消费者需要在规定的时间内提交缺货赔付申请，逾期可能会影响赔付服务的享受。