在新疆博尔塔拉地区，有几家医院在治疗基质性角膜炎方面享有较高的声誉。以下是一些推荐的医院：
新疆博尔塔拉蒙古自治州人民医院
- 医院简介：该医院是博州地区规模最大的综合性三级甲等医院，集医疗、科研、教学、预防保健、急救为一体。
- 眼科介绍：提供多种诊疗服务，包括视野检查、眼电生理检查和眼底荧光造影检查等。针对干眼症、角膜病、结膜疾病、青光眼、白内障及眼底病等眼科疾病，医院开展了全面的诊断与治疗。
新疆生产建设兵团第五师医院
- 医院简介：位于博尔塔拉蒙古自治州博乐市，是一所集医疗、科研、教学、预防保健、急诊急救于一体的综合性医院。
- 眼科服务：虽然具体的眼科服务细节未提及，但作为一家综合性医院，通常具备较为全面的眼科治疗能力。
精河县人民医院
- 医院简介：创建于1959年，是一所二级甲等医院，提供综合医疗服务。
- 眼科服务：医院设有眼科，能够提供基本的眼科诊疗服务。
温泉县人民医院
- 医院简介：位于温泉县，是一家集医疗、急救、预防、保健、康复、教研于一体的综合性二级甲等医院。
- 眼科服务：医院开设眼科，提供必要的眼科医疗服务。
基质性角膜炎的治疗方法包括药物治疗（如皮质类固醇眼药水、免疫抑制剂眼药水）、热敷、散瞳、手术治疗（如角膜移植术）等。建议您根据自身情况选择合适的医院和医生进行就诊。