根据相关财务和法律规范，用现金支付罚款1000元存在以下限制和注意事项：

一、支付方式限制

1. 金额门槛

   一般情况下，罚款金额超过1000元时，需通过银行转账方式支付，而1000元属于可现金支付的范畴。

2. 现金支付的例外情况

   若当地政策或具体罚款通知明确允许现金支付，则可按指示操作，但需确认被罚款人具备支付能力。

二、会计处理要求

• 借方科目 ：营业外支出（1000元）

• 贷方科目 ：库存现金（1000元）

三、其他注意事项

1. 支付能力审查

   需确认被罚款人是否有稳定收入或财产可供执行，避免因支付能力不足导致国家财政负担。

2. 滞纳金风险

   若未按时缴纳罚款，可能产生滞纳金，导致总金额超过1000元，需通过正规渠道补缴。

3. 法律与合规性

   罚款支付应遵守《行政处罚法》等法律法规，通过银行转账可保留支付凭证，便于后续查询和监管。

四、特殊情况处理

• 当场缴纳 ：部分地区的交管所可能接受现金缴纳，但需通过指定渠道（如银行）完成划扣。

• 分期缴纳 ：若因资金问题无法一次性支付，可咨询当地交管部门是否允许分期缴纳。

综上， 直接用现金支付1000元罚款通常不可行 ，但可通过银行转账完成。若遇到特殊情况，建议提前咨询相关部门确认支付方式及流程。