学校医疗保险和农村合作医疗（新农保）在参保和报销上存在冲突，具体分析如下：

一、参保冲突

1. 社会基本保险的排他性

   两者均属于社会基本保险范畴，根据国家规定，同一参保人不能同时参加两种。若已参加学校医疗保险（如城镇居民医保），则无需再参加新农保；反之亦然。

2. 参保主体差异

   学校医疗保险由学校统一组织参保，覆盖在校学生；新农保则由农村居民自愿参加，主要覆盖农村户籍人员。

二、报销冲突

1. 医疗费用报销互斥性

   若学生在同一时间段内同时参加了两种保险，医疗费用只能选择其中一种进行报销，不能重复报销。例如，若先通过学校医保报销，再申请新农保报销，则需自费。

2. 报销流程与限制

   • 学校医保通常在年度结束后统一结算，需提供医疗费用明细及学校证明。

   • 新农保需在指定医疗机构就医后，持就诊证、医疗费用发票等材料申请报销。

   • 若已通过学校医保报销，则新农保报销时需主动放弃新农保待遇。

三、特殊情况说明

• 家庭参保差异 ：若学生家庭中其他成员（如父母）已参加新农保，学生无需重复参保，但可提供学校参保证明申请新农保报销。

• 商业补充保险 ：部分学校可能提供商业医疗保险作为补充，这类保险与社保无直接冲突，可另行购买。

四、建议

1. 优先选择学校保险

   学校医疗保险通常覆盖范围更广（如住院、门诊等），且由政府补贴，建议优先参保。

2. 了解政策细则

   不同地区对报销比例、起付线等具体规定可能有所差异，需咨询当地社保机构。

3. 避免重复参保

   若已参加学校保险，可向学校或当地社保部门咨询是否需放弃新农保，避免因信息不对称重复参保。

综上，两者在参保和报销上存在明确冲突，需根据自身实际情况选择其中一种。