云南省曲靖市的医保系统由曲靖市医疗保障局负责管理，该部门是曲靖市人民政府的工作部门之一。曲靖市医疗保障局主要职责包括：
- 统筹拟订医疗保险、生育保险等医疗保障方面的规范性文件并组织实施。
- 负责医疗保障基金监督管理工作，建立健全医疗保障基金管理制度和安全防控机制，推进医疗保障基金支付方式改革。
- 负责医疗保障筹资和待遇政策落实，完善动态调整和区域调剂平衡机制，统筹城乡医疗保障待遇标准，建立健全与筹资水平相适应的待遇调整机制。
- 制定城乡统一的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医保目录和支付标准，建立动态调整机制，制定医保目录准入谈判实施细则并组织实施。
- 制定药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费标准，建立医保支付医药服务价格合理确定和动态调整机制，推动建立市场主导的社会医药服务价格形成机制，建立价格信息监测和信息发布制度。
- 制定药品和医用耗材的招标采购办法并监督实施，推进药品、医用耗材招标采购平台建设。
- 制定协议医药机构协议和支付管理办法并组织实施，建立健全医疗保障信用评价体系和信息披露制度，监督管理纳入医保范围内的医疗服务行为和医疗费用，依法查处医疗保障领域违法违规行为。
- 负责医疗保障经办管理、公共服务体系和信息化建设。实施异地就医管理和费用结算办法，完善异地就医管理和费用结算平台，建立健全医疗保障关系转移接续制度，开展医疗保障领域对外合作交流。
- 完成省医疗保障局、市委和市政府交办的其他任务。
曲靖市还推行了“珠源先锋、健康有我”医保品牌，致力于提升医保服务质量，如通过综合改革提质增效、阳光招采先行先试、科学监管夯基固本、暖心服务便民惠民以及清廉医保正本清源等方面的工作来改善市民的医保体验和服务质量。同时，曲靖市医保局也注重信息化建设，提供了多种渠道供参保人员查询医保信息、办理业务，例如云南医保公共服务平台、微信小程序、办事通APP等。
