根据重庆市医保政策，医保住院费用超过50万元后的报销流程如下：

一、医保封顶线与二次报销

1. 封顶线标准

重庆医保（包括居民医保和职工医保）设有年度封顶线，2025年统一调整为 50万元/人·年 。超过该金额的部分需自费。

2. 职工大病险二次报销

若参保人员符合条件，可申请职工大病险二次报销：

• 报销比例 ：60%

• 年最高支付限额 ：20万元/人·年

• 报销范围 ：在基本医保报销后，个人负担的合规医疗费用中超过起付标准（2025年调整为17,833元）的部分。

二、其他报销渠道

1. 特殊病医疗救助

符合条件的重大疾病（如恶性肿瘤、尿毒症等）可申请特殊病医疗救助，具体病种和比例需参照当地政策。

2. 商业保险补充

若已购买商业医疗保险，可对社保报销后的剩余金额进行二次报销。

三、报销流程

1. 材料准备

需提供诊断书、基本医疗保险诊疗手册、住院病历等材料。

2. 联网结算

在定点医疗机构办理出院结算时，医保基金与大病保险按比例直接结算，个人仅需支付剩余部分。

四、注意事项

• 政策调整 ：医保政策可能动态调整，建议定期咨询医保部门（如重庆市医疗保障局）获取最新信息。

• 自费部分 ：超过封顶线的部分及特殊病门诊（如肝硬化、白血病等）需另行申请报销。

通过以上渠道，患者可有效减轻高额医疗费用负担。