3个月内
农村合作医疗跨市住院的报销时限如下：
- 一般情况 ：
- 对于在市外二级及以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的 3个月内 ，携带相关医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿及经办人身份证，到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。
- 特殊病种门诊报销 ：
- 对于特殊病种门诊的报销，具体时限可能会有所不同，建议咨询当地新农合管理部门以获取详细信息。
- 市外及以上医院住院医药费 ：
- 参加农村合作医疗者需在出院后，将相关材料（如新型农村合作医疗卡、身份证、转院转诊单等）交至镇乡财政所初审，再由市合管办审核结报。补偿时限为下年度1月30日之前，逾期将不予报销。
- 跨年度费用 ：
- 各地规定不一样，一般是规定在当年报销，跨年度的不超过一季度。跨结算年度2个月，原则上不予结算。
- 外地打工的农民 ：
- 需要跨省报销的农民，报销期间为半个月，超出期限医院是不给报销的。
- 市外定点医疗机构住院治疗 ：
- 对于在市外定点医疗机构住院治疗的参合患者，费用在10000元以上的必须经区和高管班与所住医院联系审核无误，符合新农合报销规定的方可公示报销。出院后20日内将相关证明材料提供给户籍所在乡镇合管办，并在乡、村两级政务公开栏公示不少于15天后，符合新农合报销规定的，由乡镇卫生院录入新农合系统给予补偿。
综合以上信息，农村合作医疗跨市住院的报销时限一般为 3个月内 ，具体时间可能因各地规定和实际情况有所不同。建议您在出院后尽快办理相关手续，以确保能够及时获得医疗费用补偿。
