新农合5000元报销金额需根据医疗费用类型和当地政策综合计算，主要分为以下部分：

一、住院补偿（5000元以上部分）

1. 分段补偿标准

   • 5001-10000元：补偿65%

   • 10001-18000元：补偿70%

   • 18001元以上：按更高比例补偿（具体以当地政策为准）。

2. 示例计算

   若某患者住院总费用为2万元：

   • 超出5000元的15000元中，

     • 5001-10000元部分补偿65%（6500元），

     • 10001-18000元部分补偿70%（14000元），

     • 合计多报10500元。

二、门诊补偿（不同级别医疗机构）

1. 普通门诊

   • 村卫生室/乡镇卫生院：报销60%

   • 县级医院：报销50%。

2. 慢性病门诊

   • 经认定后，年累计费用超过5000元，报销70%（如高血压、糖尿病等）。

三、大病补偿（年累计自付超过5000元）

1. 分段比例

   • 5001-10000元：补偿65%

   • 10001-18000元：补偿70%

   • 18001元以上：更高比例补偿。

2. 示例计算

   若某患者年累计自付5.5万元：

   • 超出5000元的5.5万元中，

     • 5001-10000元部分补偿65%（3250元），

     • 10001-18000元部分补偿70%（7000元），

     • 合计多报10250元。

四、其他注意事项

1. 起付线与封顶线

   • 住院报销存在起付线（如三级医院1000元）和封顶线（如普通门诊2000元）。

   • 大病补偿无封顶线，但需符合当地大病目录。

2. 地区差异

   • 具体比例和限额因地区经济水平不同，建议咨询当地医保部门。

以上计算均基于典型政策，实际报销金额需结合患者具体病情、就医机构及当地最新政策综合确定。