城镇居民医保和农村合疗（新农合）的区别主要体现在以下几个方面：
- 参保对象 ：
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新农合 ：主要参保对象为农村居民，以家庭为单位整户参加。
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城镇居民医保 ：主要参保对象为没有参加城镇职工医疗保险的城镇居民，包括城镇户籍的在校学生等。
- 报销比例 ：
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新农合 ：在三甲医院的报销比例较低，通常只有30%，但在乡镇卫生院的报销比例较高，可达70%左右。
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城镇居民医保 ：在三甲医院的报销比例较高，通常可以达到50%左右，通过逐级转院的报销比例甚至可达70%。
- 政府补助资金 ：
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新农合 ：政府补助普遍高于城镇居民医保，每人每年补助资金平均在400到500元左右。
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城镇居民医保 ：政府补助相对较少，具体金额因地区而异。
- 管理方式 ：
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新农合 ：多数地方由卫生部门管理。
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城镇居民医保 ：主要由人力资源和社会保障部门负责管理和运作。
- 保障待遇 ：
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新农合 ：主要侧重于大病统筹，门诊待遇水平相对较高。
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城镇居民医保 ：保障待遇主要侧重于住院和门诊大病，同时兼顾普通门诊，住院及门诊大病待遇通常要高于新农合。
- 缴费方式与标准 ：
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新农合 ：采取个人缴费、集体扶持和政府资助相结合的方式筹集资金。
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城镇居民医保 ：缴费标准统一，由个人缴纳。
- 医保目录 ：
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新农合 ：可报销的医药目录相对较少，乡镇医院报销比例高，市级及以上医院报销比例相对较低。
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城镇居民医保 ：医保目录种类更齐全，结构更合理，所有定点医院均可进入。
- 基金管理 ：
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新农合 ：基金收支不平衡，支付保障相对较弱。
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城镇居民医保 ：基金收支更加平衡，支付更有保障。
综上所述，城镇居民医保和农村合疗在参保对象、报销比例、政府补助、管理方式、保障待遇、缴费方式与标准、医保目录和基金管理等方面存在显著差异。建议根据自身户籍和需求选择合适的医疗保险类型。