居民医保与农村合作医疗的区别主要体现在以下几个方面：
- 缴费主体不同 ：
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居民医保是由城镇职工缴纳的，单位和个人共同承担费用，其中单位缴纳大部分，职工缴纳小部分。
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农村合作医疗是由农民自己缴纳的，费用一般固定，政府组织、个人参与。
- 覆盖人群不同 ：
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居民医保主要覆盖城镇户籍的居民，包括职工及其家属。
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农村合作医疗主要覆盖农村户籍居民，以家庭为单位整户参加。
- 管理部门不同 ：
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居民医保由人社部门管理。
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农村合作医疗多数地方由卫生部门管理。
- 缴费方式不同 ：
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居民医保是单位和个人一起缴纳的，且单位缴纳大部分，职工只缴纳小部分。
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农村合作医疗是农民自己缴纳的，每年购买，次年生效享受报销待遇，有效期为一年。
- 保障待遇侧重点不同 ：
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居民医保主要保障住院和门诊大病，同时也有普通门诊的保障，报销比例和限额较高。
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农村合作医疗的报销比例相对较低，主要侧重于保障农民的基本卫生服务，报销比例在20%至85%之间浮动，且在不同级别的医疗机构报销比例有所不同。
- 医药目录不同 ：
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居民医保的医药目录相对较全，可以报销更多的药品和治疗项目。
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农村合作医疗的医药目录相对较少，报销的药品和治疗项目有限。
- 起付线和封顶线不同 ：
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居民医保的起付线较高，在大医院的报销比例较高，且没有明确的封顶线。
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农村合作医疗的起付线较低，在乡镇医院的报销比例较高，但在市级及以上医院的报销比例较低，且封顶线较低。
综上所述，居民医保和农村合作医疗在缴费主体、覆盖人群、管理部门、缴费方式、保障待遇、医药目录、起付线和封顶线等方面都有明显的区别。建议根据个人户籍和实际情况选择合适的医疗保险制度。