根据权威医疗平台及医院综合实力，云南昆明治疗真菌性角膜炎的医院排名如下：
一、综合实力排名前三
昆明市第一人民医院
三级甲等综合医院，集医疗、教学、科研于一体，拥有2个院区，总业务用房22万余平方米，设有35个临床科室及16个医技科室，是云南省疑难危重疾病救治中心。
历史沿革：前身为1914年成立的“甘美医院”，1963年更名。
昆明医科大学第一附属医院
三级甲等综合医院，国家级重点专科5个，省级临床重点专科24个，内设30个研究机构，与233家基层医院建立医疗联盟。
特色：眼科疾病诊疗经验丰富，设备先进。
昆明医科大学第二附属医院
三级甲等综合医院，设有2个国家临床重点专科，涵盖肝胆胰外科、重症医学、骨科等学科，医技科室24个。
二、其他推荐医院
云南省第一人民医院 ：综合实力强，总院及新昆华医院分院布局合理，开放床位2400张。- 昆明市中医院 ：中医特色突出，拥有国家级重点中医专科2个，社区医疗资源丰富。 选择建议 ：优先考虑综合实力强、专科齐全的三甲医院（如昆明市第一人民医院、昆医大附二院），若需中医诊疗可结合昆明市中医院。建议通过医院官网或官方渠道核实最新科室设置及专家信息。