农村合作医疗住院医保报销比例因医疗机构的级别不同而有所差异，具体如下：

一级医疗机构

• 报销比例：政策范围内报销比例可达90%。

• 示例：某农民在乡镇卫生院住院，医疗费用为5000元，报销金额为4500元，个人只需支付500元。

二级医疗机构

• 报销比例：政策范围内报销比例可达80%。

• 示例：某农民在县级医院住院，医疗费用为1万元，报销金额为8000元，个人需支付2000元。

三级医疗机构

• 报销比例：政策范围内报销比例可达60%。

• 示例：某农民在市级医院住院，医疗费用为2万元，报销金额为1.2万元，个人需支付8000元。

2025年新农合住院医疗最高支付限额为10万元，这一限额为农民在重大疾病住院治疗时提供了较高的医疗保障，有效减轻了农民的医疗负担。