广东深圳治疗沙眼衣原体肺炎较好的医院包括中山大学中山眼科中心、深圳市眼科医院等，这些医院在眼科及呼吸道疾病诊疗方面具备专业实力和丰富经验。
中山大学中山眼科中心
作为华南地区顶尖眼科专科医院，拥有“所、院、办、系”四位一体的综合体系，在沙眼等眼部感染性疾病诊疗上技术领先，同时具备处理衣原体肺炎相关并发症的能力。深圳市眼科医院
深圳市唯一市属眼科专科医院，集医疗、科研、教学于一体，擅长结合现代化手段治疗沙眼，并与综合医院协作开展衣原体肺炎的联合诊疗。综合医院推荐
衣原体肺炎需内科或呼吸科介入治疗，可优先选择三甲综合医院如深圳市人民医院，其呼吸内科对衣原体肺炎的抗生素治疗及预后管理经验丰富。
建议根据病情选择专科或综合医院，沙眼合并肺炎需多学科协作，尽早规范治疗可有效避免并发症。