根据多方权威信息，上海市最好的三大医院是：

1. 复旦大学附属中山医院

• 排名与权威性：在复旦版《2023年度中国医院综合排行榜》中，中山医院连续多年在全国三级公立医院绩效考核中名列前茅，曾获2020年度全国第一、2021年度全国第二的佳绩，并连续4年获得最高评级“A++”。
• 专科优势：作为上海市第一批三级甲等医院，中山医院在心血管内科、肝外科、消化科等领域具有显著优势，尤其是心血管内科全国领先。

2. 上海交通大学医学院附属瑞金医院

• 排名与权威性：瑞金医院在复旦版排行榜中位列全国第四，是集医疗、教学、科研为一体的综合性医院，连续四次获全国文明单位称号。
• 专科优势：瑞金医院在血液内科、心血管内科、肾脏内科、内分泌与代谢病等领域表现突出，多个学科位居全国前十。

3. 复旦大学附属华山医院

• 排名与权威性：华山医院在复旦版排行榜中排名全国第八，是首批通过国家三级甲等医院评审的医院之一。
• 专科优势：华山医院在神经外科、皮肤科、传染科等领域具有卓越实力，其中神经外科和皮肤科多次位列全国第一。

总结

这三家医院均为上海市医疗行业的顶尖代表，不仅在综合实力上表现突出，还各自拥有多个国家级重点专科，为患者提供高水平的医疗服务。如果需要具体科室治疗建议，可根据自身需求选择对应的医院。