水稻苗期主要病害有：
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稻瘟病：苗瘟发生于三叶前，病苗基部灰黑，上部变褐，蜷缩而死，湿度较大时病部产生大量灰黑色霉层。
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纹枯病：主要为害叶鞘，叶片次之。初期在近水面处产生暗绿色水浸状边缘模糊小斑，后渐扩大呈椭圆形或云纹形，边缘暗褐，中部呈灰白色半透明状。
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白叶枯病：整个生育期均可受害，苗期、分蘖期受害最重，叶片最易染病。一般有褪绿枯黄斑，天气潮湿时病叶上可见乳白色小点，干后结成黄色小胶粒。
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恶苗病：苗期发病病苗比健苗细高，叶片叶鞘细长，叶色淡黄，根系发育不良，部分病苗在移栽前死亡。
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立枯病：多发生在水稻一叶一心期和二叶一心期，是一种真菌性的病害。被危害的秧苗主要表现为叶枯黄，心叶枯萎，茎基部软化易折断。
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青枯病：是一种生理性病害，容易发生在三叶期前后的秧苗上。主要是因为水稻生理性失水造成的，叶片打卷，逐渐变为青灰色干枯。
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绵腐病：在播种后一周即可开始发生，可持续到三叶期前后，主要危害种子，幼芽和根系。发病多在破壳处以及苗基部的位置产生乳白色的棉絮状物，造成稻苗腐烂死亡。
这些病害的发生与环境、栽培管理和水稻品种密切相关，了解这些病害的特征和影响因素是防治的第一步。在苗期，及时采取合理的防治措施，如选用抗病品种、合理施肥、药物防治等，可以有效减少病害对水稻生产的影响，提高水稻的产量与质量。
