王清任的《医林改错》被批评和骂的原因主要有以下几点：

1. 挑战传统权威：王清任在《医林改错》中质疑了中医流传数千年的脏腑学说，这一行为挑战了当时中医界的权威。中医经典如《黄帝内经》被普遍认为是不可动摇的，而王清任却通过自己的观察和解剖实践，提出了与经典不同的见解。

2. 实证主义批判：王清任采用实证主义的方法，通过实际观察和解剖来验证中医理论，这与当时中医界普遍采用的哲学思辨和理论推导方法不同。他的方法在当时被视为异端。

3. 解剖实践的争议：王清任为了验证脏腑结构，不惜在乱葬岗观察尸体，甚至到刑场观察刽子手行刑后的尸体。这种行为在当时被普遍认为是不道德和非法的，因为尸体解剖在当时是严格禁止的。

4. 观点与中医理论的冲突：王清任在书中纠正了许多前人关于脏腑形态和功能的错误描述，如肺叶数量、肝脏形态等，这些观点与中医传统理论存在较大差异，遭到了一些中医的强烈反对。

5. 守旧势力的反对：当时的中医界普遍守旧，重视传统理论和经验，而王清任的创新和实证精神被视为对传统中医的破坏。一些守旧中医认为他的做法是“离经叛道”，甚至有人骂他是“狂徒”和“邪人”。

6. 解剖知识的局限：尽管王清任通过观察和解剖取得了一些准确的解剖学知识，但由于历史条件的限制，他的理论仍存在不少错误。例如，他错误地认为动脉内流动的是气而非血液，这在现代医学看来是明显错误的。

王清任及其《医林改错》在中医界引起的争议，反映了当时中医界在对待传统与创新、实证与思辨之间的矛盾和冲突。尽管如此，王清任敢于质疑和挑战传统的精神，对后来的中医研究和科学态度的发展也有一定的推动作用。