如果同时合并乙肝跟脂肪肝，就要同时对乙肝和脂肪肝进行治疗。
乙肝的治疗主要以抗病毒治疗为主，可以选择用口服的核苷或核苷酸类药物，最常用的有恩替卡韦、替诺福韦酯和丙酚替诺福韦酯。对于一些初治的、转氨酶高的病人，也可以用干扰素治疗。通过抗病毒治疗，乙肝病毒可以得到有效的抑制，病情可以缓解，从而可以延缓肝纤维化、肝硬化的进程，降低肝硬化和肝癌的发生率。
脂肪肝的治疗主要是控制饮食、增加运动量，通过减体重来消除脂肪肝。
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