在整个人群里面，川崎病的发病率相对比较低，远远低于肺炎、腹泻、呼吸道感染。实际上在中国，川崎病相对是比较常见的疾病。除了风湿免疫科、心血管科，还有很多其他专业的大夫也能诊断川崎病，所以在临床上认为川崎病是相对比较常见的疾病。
川崎病有种族差异，比如日本人和中国人的发病率的确是相对高一些。但是国内也还没有确切的数据，没有大的流行病学的调查，比如调查川崎病的发生率、发病率和患病率到底是多少，现在还没有特别具体的数据。
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