有以下几方面原因：第一、结石为鹿角形结石、多发性的结石等复杂性的结石。结石体积比较大、数量比较多，有的结石非常的坚硬。为了保证患者安全的原因，所以在同一时间无法取出很多的结石，只能分次手术；第二、肾脏的结构复杂，有的出现畸形，比如曾经做过肾脏切开的手术，马蹄肾合并肾盏憩室，肾内合并其他的囊肿畸形，双侧的肾盂、肾盏数量特别多。肾盏径细长的肾脏合并结石，结石经常难以一次取干净，需要多做几次手术，也可能经皮肾镜也要多打几个通道；第三、手术当中出血，出血的原因有患者本身身体的因素，肾脏为独立肾的时候，有可能合并糖尿病，还有感染或者其他慢性病的情况。有时候也和麻醉医师、手术医师的操作技术水平有关系，协商以后可以分次手术；第四、存在尿路感染，手术当中发现肾脏积脓合并感染，需要进行引流，分次取石。如果不及时引流脓液，一次性的做创伤性比较大的手术，就容易造成脓毒血症。这种情况需要终止手术，控制感染以后二次手术取石；第五、结石位置活动，手术当中结石被打碎后，有一部分可以到处的漂移，到达镜子的死角观察不到，导致结石不能一次取干净；第六、和手术者的操作技术水平有关系。如果手术医师技术上还需要进一步提高，或者手术当中遇到其他特殊的情况，打孔不成功或者穿孔的位置不适当，不能确切的一次性的定位，或者只能找到小部分的结石，孔道的数量不够、角度不够，在盲区当中，就可能需要终止手术了。事实上最常见的手术当中，引起的明显的出血，或者手术当中有一项规范性的手术操作也可能有争议，不能尽量取其所有的结石。
总之一次性手术结石取不干净的原因，既有客观的因素，一部分还是患者本身疾病的状态、结石大小结构、肾脏的形态、身体状况，当然也有手术医师的水平和麻醉医师的配合，客观因素、主观因素共同的存在，有时候不容易改变。所以外科手术是一个团队协作要求精准、精诚的合作治疗，在保证患者生命安全，保护好肾脏功能的情况下，都会尽可能的取净结石。
