公司以员工已参加农村医保为由拒绝缴纳社保是不合法的。根据《中华人民共和国社会保险法》第五十八条，用人单位必须自用工之日起三十日内为职工办理社会保险登记并缴纳社保费用，这是法律强制性规定，不能因员工已参加其他保险而豁免。

1. 社保的强制性

社保包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，是为劳动者提供基本保障的制度。无论员工是否已参加农村医保或自行缴纳其他保险，用人单位都无权免除缴纳社保的义务。

2. 农村医保与社保的区别

农村医保（如新农合）主要面向农村居民，是自愿参加的医疗保障制度，保障范围和力度相对有限。而社保是用人单位和员工共同承担的强制性保险，覆盖范围更广，保障力度更大，两者不能相互替代。

3. 法律后果

如果公司拒绝为员工缴纳社保，将面临法律责任。根据《社会保险法》和相关法规，用人单位需补缴欠缴的社保费用，并可能被处以滞纳金和罚款。

4. 提示与建议

员工应了解自身权益，主动要求公司依法缴纳社保。公司也需严格遵守法律规定，避免因未缴纳社保而承担法律风险。如遇争议，可向当地劳动监察部门或社会保险经办机构投诉。

农村医保不能替代社保，公司必须依法为员工缴纳社保，任何以员工已参加其他保险为由拒绝缴纳社保的行为都是违法的。