内蒙古包头社保基数6900元的情况下，扣税金额主要取决于个人五险一金缴纳比例以及个人所得税起征点及税率。具体扣税金额需结合个人五险一金缴纳比例、专项附加扣除等因素进行计算。以下是详细分析：

1. 1.社保及公积金缴纳比例：养老保险：个人缴纳比例为8%，即6900元×8%=552元。医疗保险：个人缴纳比例为2%，即6900元×2%=138元。失业保险：个人缴纳比例为0.5%，即6900元×0.5%=34.5元。住房公积金：假设个人缴纳比例为12%，即6900元×12%=828元。工伤保险和生育保险：个人无需缴纳。
2. 2.应纳税所得额计算：税前收入：6900元。五险一金扣除：552+138+34.5+828=1552.5元。应纳税所得额：6900-1552.5=5347.5元。
3. 3.个人所得税计算：起征点：5000元。应纳税所得额：5347.5-5000=347.5元。适用税率：根据现行个人所得税税率表，347.5元适用3%的税率。速算扣除数：0元。个人所得税：347.5元×3%=10.425元。
4. 4.总扣税金额：五险一金：1552.5元。个人所得税：10.425元。总扣税金额：1552.5+10.425=1562.925元。
5. 5.实际到手工资：税前收入：6900元。总扣税金额：1562.925元。实际到手工资：6900-1562.925=5337.075元。

内蒙古包头社保基数6900元的扣税金额主要受五险一金缴纳比例和个人所得税税率的影响。具体金额需根据个人实际情况进行详细计算。建议在实际操作中，参考当地社保及税务部门的最新政策，以确保计算的准确性。通过合理规划个人财务，可以有效减轻税负，提高实际收入水平。